A job dispatcher for large and heterogeneous HPC systems running modern applications

High-performance Computing (HPC) systems have become essential instruments in our modern society. As they get closer to exascale performance, HPC systems become larger in size and more heterogeneous in their computing resources. With recent advances in AI, HPC systems are also increasingly being used for applications that employ many short jobs with strict timing requirements. HPC job dispatchers need to therefore adopt techniques to go beyond the capabilities of those developed for small or homogeneous systems, or for traditional compute-intensive applications. In this paper, we present a job dispatcher suitable for today's large and heterogeneous systems running modern applications. Unlike its predecessors, our dispatcher solves the entire dispatching problem using Constraint Programming (CP) with a model size independent of the system size. Experimental results based on a simulation study show that our approach can bring about significant performance gains over the existing CP-based dispatchers in a large or heterogeneous system

ClassCut for Unsupervised Class Segmentation

Abstract. We propose a novel method for unsupervised class segmentation on a set of images. It alternates between segmenting object instances and learning a class model. The method is based on a segmentation energy defined over all images at the same time, which can be optimized efficiently by techniques used before in interactive segmentation. Over iterations, our method progressively learns a class model by integrating observations over all images. In addition to appearance, this model captures the location and shape of the class with respect to an automatically determined coordinate frame common across images. This frame allows us to build stronger shape and location models, similar to those used in object class detection. Our method is inspired by interactive segmentation methods [1], but it is fully automatic and learns models characteristic for the object class rather than specific to one particular object/image. We experimentally demonstrate on the Caltech4, Caltech101, and Weizmann horses datasets that our method (a) transfers class knowledge across images and this improves results compared to segmenting every image independently; (b) outperforms Grabcut [1] for the task of unsupervised segmentation; (c) offers competitive performance compared to the state-of-the-art in unsupervised segmentation and in particular it outperforms the topic model [2].

Metaloproteinasas y Osteoartritis

Las metaloproteinasas (MMPs) son una familia de enzimas proteolíticas  capaces de procesar o degradar proteínas de la matriz extracelular. Las MMPs tienen un prodominio, prodominio catalítico, una región bisagra y un dominio tipo hemopexina (excepto en las matrilisinas). Pueden ser activadas in vivo por otras MMPs,  proteinasas tisulares o proteinasas plasmáticas. La regulación de estas enzimas puede ocurrir a nivel de su síntesis, secreción, activación del zimógeno. Los inhibidores tisulares de metaloproteinasas (TIMPs) son inhibidores específicos de las MMPs que participan en el control local de su actividad. En el cartílago  normal existe bajo recambio de las moléculas de la matriz extracelular. Existe un delicado balance entre la síntesis y degradación de los componentes del cartílago articular. Este balance se  pierde en enfermedades degenerativas como la osteoartritis en dónde participan algunas MMPs tales como las gelatinasas, estromelisinas y colagenasas. Estos procesos podrían ser blancos farmacológicos en el tratamiento de esta enfermedad

Comparación de la cinética de la infección de ovas de trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss) con dos cepas de Piscirickettsia salmonis detectada mediante dot-blot#

En un estudio previo, se comprobó mediante microscopía de barrido, que la cepa LF-89 se adhiere a la pared de la ovamediante prolongaciones de su membrana externa, estructuras que han sido denominadas "Complejo de AdhesiónPiscirickettsial" o CAP, lo que facilitaría la posterior penetración de la bacteria al interior de la ova. Sin embargo,existen otras cepas aisladas, como la SLGO-95, que es más virulenta y resistente a antibióticos que la LF-89 y que no seha estudiado la posibilidad de unión a ovas. Por lo anterior, en el presente trabajo se comparó la cinética de infección deovas de trucha arcoíris, entre ambas cepas, utilizando como metodología la técnica de dot-blot. El método de "dot-blot"se realizó mediante la retención de proteínas en una membrana de polivinildifluoruro (PVDF), incubación conanticuerpos oligoclonales anti-P. salmonis y posteriormente con un segundo anticuerpo anti inmunoglobulina G deratón conjugado con peroxidasa. La reacción antígeno-anticuerpo se evidenció mediante un sustratoquimioluminiscente, utilizando una película autorradiográfica. La evaluación de la reacción se realizó mediantedensitometría utilizando un "software" computacional. Para estandarizar el método se realizaron diluciones seriadas dela suspensión de P. salmonis, desde 0,02 a 56 μg de proteína total. Para aumentar la sensibilidad se centrifugaron lasmuestras a 11.000 x g por 60 min. Además, se probaron diferentes concentraciones de anticuerpo primario, 1:1000,1:5000 y 1:10.000 y muestras de ovas y bacteria fueron sometidas a desnaturalización por ebullición. Se utilizaron ovasde reproductores libres de infecciones virales, Renibacterium salmoninarum y P. salmonis. Las ovas fueron incubadas(en duplicado) con 500 μL de una suspensión de P. salmonis, ya sea con la cepa LF-89 o SLGO-95 por 1,3, 10 y 60min. Luego, cada ova fue congelada a -70°C hasta ser procesada para la técnica de "dot blot". La muestra nocentrifugada de P. salmonis fue detectada como positiva sólo hasta 0,4 μg de proteína total. Cuando fue centrifugada a11.000 g por 1 h, la bacteria fue detectada hasta la última dilución estudiada (0,02 μg). Por otra parte, no hubo grandesdiferencias en la positividad obtenida mediante las tres diluciones de anticuerpos primarios. De acuerdo, al"background" obtenido y nitidez, se consideró como una mejor dilución de trabajo 1:5000. Cuando se realizó la cinéticade infección con la cepa LF-89, los resultados indicaron la aparición de señal positiva desde 1 min de exposición de lasovas a la bacteria. La reacción positiva se mantuvo hasta los 60 min. Con respecto a la cepa SLGO-95, los resultadosfueron similares, sin embargo, la cepa SLGO-95 demostró un mayor número de píxeles, lo que indica que esta cepa seune a la ova en mayor cantidad. Los resultados apoyan los estudios anteriores que indican que P. salmonis es capaz deinfectar verticalmente las ovas y que esta podría ser una de las formas de transmisión del agente en condiciones decultivo. Además, se comprueba que el grado de infección depende del tipo de cepa actuante.  

Image Co-localization by Mimicking a Good Detector's Confidence Score Distribution

Given a set of images containing objects from the same category, the task of image co-localization is to identify and localize each instance. This paper shows that this problem can be solved by a simple but intriguing idea, that is, a common object detector can be learnt by making its detection confidence scores distributed like those of a strongly supervised detector. More specifically, we observe that given a set of object proposals extracted from an image that contains the object of interest, an accurate strongly supervised object detector should give high scores to only a small minority of proposals, and low scores to most of them. Thus, we devise an entropy-based objective function to enforce the above property when learning the common object detector. Once the detector is learnt, we resort to a segmentation approach to refine the localization. We show that despite its simplicity, our approach outperforms state-of-the-art methods.Comment: Accepted to Proc. European Conf. Computer Vision 201

Learning Behavioural Context

The original publication is available at www.springerlink.co

Parasitación Pulmonar por Pseudallescheria Boydii

Se comunica tres casos de parasitación pulmonar por Pseudallescheria boyii en su fase anamorfa (Sc. apiospermum) en pacientes con daño estructural previo, dos de ellos por tuberculosis.En dos pacientes se aisló el hongo en expectoración; el suero de uno de ellos presentó varias bandas de precipitación en la DDA, CIE e IEF con el antígeno metabólico preparado con su propia cepa. Los sueros de los otros pacientes no reaccionaron.En el tercer paciente se observó el hongo al examen directo del trozo de pulmón obtenido en la lobectomía.Los tres pacientes presentaron hemoptisis a repetición, la que provocó la muerte en el primer caso y lobectomía de urgencia en el tercero.Se destaca el hecho que son los primeros casos de micosis pulmonar por Ps. boydii comunicados en nuestro país

Draft genome sequence of chloride-tolerant Leptospirillum ferriphilum Sp-Cl from industrial bioleaching operations in northern Chile

Indexación: Web of Science; PubMedLeptospirillum ferriphilum Sp-Cl is a Gram negative, thermotolerant, curved, rod- shaped bacterium, isolated from an industrial bioleaching operation in northern Chile, where chalcocite is the major copper mineral and copper hydroxychloride atacamite is present in variable proportions in the ore. This strain has unique features as compared to the other members of the species, namely resistance to elevated concentrations of chloride, sulfate and metals. Basic microbiological features and genomic properties of this biotechnologically relevant strain are described in this work. The 2,475,669 bp draft genome is arranged into 74 scaffolds of 74 contigs. A total of 48 RNA genes and 2,834 protein coding genes were predicted from its annotation; 55 % of these were assigned a putative function. Release of the genome sequence of this strain will provide further understanding of the mechanisms used by acidophilic bacteria to endure high osmotic stress and high chloride levels and of the role of chloride-tolerant iron-oxidizers in industrial bioleaching operations.https://standardsingenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40793-016-0142-